Программные кодеки, в первую очередь, различаются типом обрабатываемой инфромации. Так существуют видеокодеки (работа с видеопотоком), аудиокодеки (обработка звука), графические (статичные изображения) и т.п.
Разные видеокодеки, например, используют разные алгоритмы обработки, потому один кодек может сделать свою работу лучше в одной ситуации, а другой в иной.